##################################################
##################### GEOMETRY ###################

NDIM:                        3

NX:                          4
NY:                          4
NZ:                          15 

COMPARTMENTSIZEX:            500.0
COMPARTMENTSIZEY:            500.0
COMPARTMENTSIZEZ:            500.0

MONOMERSIZE:                 2.7
 
CYLINDERSIZE:                108.0

BOUNDARYSHAPE:               CYLINDER
BOUNDARYDIAMETER:	     2000.0

##################################################
################### MECHANICS ####################

### ALGORITHM ###
CONJUGATEGRADIENT:           POLAKRIBIERE

GRADIENTTOLERANCE:           10.0
MAXDISTANCE:		     1.0
LAMBDAMAX:		     0.01

### FILAMENTS ###

FSTRETCHINGFFTYPE:           HARMONIC
FSTRETCHINGK:                100.0

FBENDINGFFTYPE:              COSINE
FBENDINGK:                   672.5
FBENDINGTHETA:               0.0

VOLUMEFFTYPE:               REPULSION
VOLUMECUTOFF:              	27.0

VOLUMEK:                    1E5

### MOTORS ###

MSTRETCHINGFFTYPE:           HARMONIC
MSTRETCHINGK:                2.5

### LINKERS ###

LSTRETCHINGFFTYPE:			 HARMONIC
LSTRETCHINGK:				 8.0

### BRANCHING ###
BRSTRETCHINGFFTYPE:	     HARMONIC
BRSTRETCHINGK:		     100.0
BRSTRETCHINGL:		     6.0
# use the same as filament	

BRBENDINGFFTYPE:		 COSINE
BRBENDINGK:		         10.0
BRBENDINGTHETA:		     1.22
# try to fit the angle distribution
	
BRDIHEDRALFFTYPE:			 COSINE
BRDIHEDRALK:		         10.0

BRPOSITIONFFTYPE: COSINE
BRPOSITIONK: 20.0 

### BOUNDARY ###

BOUNDARYFFTYPE:             REPULSIONEXPIN
BOUNDARYCUTOFF:             175.0

BOUNDARYINTERACTIONK:       41.0
BOUNDARYSCREENLENGTH:       2.7

##################################################
################### CHEMISTRY ####################

CHEMISTRYFILE:               chemistryinput.txt

CALGORITHM:                  NRM
#NUMTOTALSTEPS:		     	 
RUNTIME:                     2000.0
DATADUMPTIME:		     5.0

#NUMSTEPSPERS:		    
SNAPSHOTTIME:                1.0

MINIMIZATIONTIME: 0.025
NEIGHBORLISTTIME: 0.025
NUMDIFFUSINGSPECIES: 	     6
NUMBULKSPECIES:		     0

NUMFILAMENTTYPES:			 1

NUMFILAMENTSPECIES:          1
NUMPLUSENDSPECIES:           3
NUMMINUSENDSPECIES:          1

NUMBOUNDSPECIES:             1
NUMLINKERSPECIES:            1
NUMMOTORSPECIES:             1
NUMBRANCHERSPECIES:          1

NUMBINDINGSITES:             4

NUMMOTORHEADSMIN:  	     	 15  
NUMMOTORHEADSMAX:	       	 30 
MOTORSTEPSIZE:				 6.0

##################################################
############## DYNAMIC RATE CHANGING #############

DFPOLYMERIZATIONTYPE: 	   BROWRATCHET 
DFPOLYMERIZATIONLEN:	   2.7 		   

DMUNBINDINGTYPE:	     LOWDUTYCATCH    
DMUNBINDINGFORCE:	     12.62

DMWALKINGTYPE:		     LOWDUTYSTALL
DMWALKINGFORCE:	    	 300.0

DLUNBINDINGTYPE:		 SLIP
DLUNBINDINGLEN:			 0.24

DBUNBINDINGTYPE:                 SLIPF
DBUNBINDINGF:                    6.0
##################################################
################# INITIALIZATION #################
NUMFILAMENTS:                400
FILAMENTLENGTH:              1
FILAMENTTYPE: 				 0
FILCREATIONBOUNDS 0.1 0.1 0.1 0.9 0.9 0.9
     

#################################################
##################### OUTPUT ####################

OUTPUTTYPE:                 SNAPSHOT
OUTPUTTYPE:                 BIRTHTIMES
OUTPUTTYPE:                 FORCES
OUTPUTTYPE:                 TENSIONS  
OUTPUTTYPE: 				CHEMISTRY



